Историјски институт основан је 15. јула 1947. године са задатком да изучава економску, друштвену, политичку, и културну историју српског народа, као и његове везе са јужнословенским и осталим балканским народима, и да истовремено унапређује све гране историјске науке. За првог управника Института именован је др Виктор Новак, а за заменика управника др Георгије Острогорски. До 25. марта 1961. године Институт се налазио у саставу Српске академије наука и уметности када је одлуком Извршног већа НР Србије проглашен за самосталну научну установу. Решењем Републичке заједнице за научни рад Историјски институт је 28. септембра 1971. године стекао статус научног института.
Састав и организација рада Института приликом оснивања сведоче о широко замишљеном подручју истраживања које се временом сужавало. Већ 1948. године основан је Византолошки институт САН. Секција за изучавање античког периода издвојена је 1952. године из Института и припојена Археолошком институту САН. Оснивањем нових научних установа - Института за савремену историју и Института за историју радничког покрета - престала је потреба за постојањем Секције за историју НОП-а и НОБ-а. Тако је подручје интересовања Историјског института хронолошки омеђено на период од средњег века до почетка 20. века, односно до 1918. године и стварања Краљевине СХС.
Управници и директори Историјског института били су: академик Виктор Новак (1947 - 1954), др Илија Синдик (1954 - 1958), академик Мита Костић (1958 - 1961), академик Јорјо Тадић (1961 - 1969), др Реља Новаковић (1969 - 1973), др Даница Милић (1973 - 1987), академик Славенко Терзић (1987 - 2002), др Тибор Живковић (2002 - 2010), др Срђан Рудић (2010 - 2019) и проф. др Александар Растовић (2019 - ).
